Запускать апач или что у вас в качестве веб сервера из под этого же игоря, на все файлы дать права 755 юзер игорь группа www-data и все дела. Либо после каждой правки делать cрown -R www-data:www-data /var/www/wordpress, вариантов вагон.
Fail2ban для защиты от DDoS - это как бензин для тушения пожара. От брута помогает в принципе, но волшебной пилюли нет, книги защита от всех видов атак для чайников тоже не встречал, так что либо глубоко копать по всем аспектам безопасности либо отдать на аутсорс специально обученным людям, все заметки вида: "защита от всех атак на коленке за 10 минут" - при реальной атаке помогут, как аспирин при инфаркте.
Дело в том, что основная часть PHP у вас, скорее всего, 5.3 а новые пакеты находятся в репозитории от 5.4 и требуют новый phpapi, всех необходимых пакетов нет одной версии вот и конфликт. Тут 2 варианта либо обновить все до 5.4, либо найти реп со старыми версиями imagick, ldap, imap
Закомментировать в конфиге апача подгрузку
/usr/lib/php5/20060613+lfs/imap.so
Затем запустить апач, даунгрейд нормальными средствами не сделать только откат на крайний снапшот/бэкап (вы ведь его правда сделали перед апгрейдом?).
В вашем запросе либо использовать Vlan'ы если модем их понимает, либо использовать 2 сетевые на сервере, если количество портов модема позволяет. Хоть скажите что за модем? Вариант 2, купить вайфай в сервер, раздать с него и за 10$ решить проблему.
Скриптами, вам по сути нужно бэкапить только /etc/ mysql и директорию с сайтами. Я думаю объемы небольшие, настройте что-то типа rdiff-backup + mysqldump и будет вам счастье.