Я пользовался duplicity. Есть в репозиториях debian. Умеет получать данные по sftp, ftp, т.е. достаточно поставить его на одну машину, а затем настроить доступ к остальным машинам. Делает инкрементальные бекапы, можно настроить все интервалы времени. Умеет использовать Amazon S3. Можно откатить все файлы или выбранные файлы на состояние, соответствующее любому дню (если бекап делается каждый день). Поддерживает шифрование данных через gpg.
