Владимир

Для связей m2m автоматически создаётся промежуточная модель, содержащая лишь два поля для связи с обоими таблицами. Эту модель можно создать явно, указав дополнительные поля:

class Course(models.Model):
    name = models.CharField()
    programs = models.ManyToManyField('Program', through='ProgramCourse', related_name='courses')

class Program(models.Model):
    name = models.CharField()

class ProgramCourse(models.Model):
    program = models.ForeignKey(Program, on_delete=models.CASCADE)
    course = models.ForeignKey(Course, on_delete=models.CASCADE)
    order = models.IntegerField()  # Дополнительное поле для сортировки

Но в данном конкретном случае я думаю подойдёт готовое решение: https://github.com/jazzband/django-sortedm2m