Вообще можно как предложили выше с помощью либы PyGithub.
Либо если вы разбираетесь в git командах и он у вас установлен, можно через os.system выполнять команды. Я бы создал класс для работы с GitHub и через него выполнял бы команды. Еще можно через запросы к github.com тут вам в помощь requests или асинхронная версия aiohttp