Во первых, нужно организовать настройку DNS на котором находиться доменная зона так, чтобы там существовала запись A или CNAME которая будет ссылаться на адрес веб сервера. Если это имя username.mydomain.ru, то тут проще: находим DNS хостинг в котором есть API для редактирования зон и правим зону mydomain.ru, добавляя в нее запись username. Если же это домен пользователя, такой как username.ru, тогда придется заставлять пользователя править свою зону самому.
Во вторых на веб сервере настраиваем привязку вебсервера к ip адресу без привязки к домену, так, чтобы он обрабатывал все запросы на 80 порт.
Детали реализации зависят от тех технологий, который вы используете и от api dns хостинга.
