Я не применяю выравнивание с помощью top/right, top/bottom
а надо. Если присвоить top, то всё нормально становится.
А логика простая, начальные координаты position берутся относительно родителя, и по скольку aside на разном разрешении у тебя находится на разной высоте(из-за хэдера) по отношению к окну браузера/начала страницы, то position забирает эти координаты. Как-то так получается.