<?
$args = array(
'posts_per_page' => 5,
'meta_key' => 'go_to_main',
'meta_value_num' => 1,
'meta_compare' => '=',
'orderby' => 'modified',
'order' => 'DESC'
);
$query1 = new WP_Query( $args )
;?>
<? while( $query1->have_posts() ) : $query1->the_post(); ?>
<a href="<? the_permalink(); ?>"><? the_title(); ?> (Значение чекбокса - <? the_field('go_to_main') ?>)</a>
<? endwhile; wp_reset_postdata(); ?>
'meta_value_num' => 0,
'meta_compare' => '!=',
<? $query1 = new WP_Query('posts_per_page=5&meta_key=go_to_main&meta_value_num=1&orderby=modified&order=DESC');?>
<? while( $query1->have_posts() ) : $query1->the_post(); ?>
<a href="<? the_permalink(); ?>"><? the_title(); ?> (Значение чекбокса - <? the_field('go_to_main') ?>)</a>
<? endwhile; wp_reset_postdata(); ?>
WP_Querry не пробовали заменить на get_posts() ?
МБ 'meta_value_num' => '1', ?