Сами вирт машины - данные пользователя.
Если выбрать вариант восстановления с сохранением данных пользователя, то вирт машины сохранятся. Возможно потребуется заново установить роль Hyper-V, а так же настроить виртуальный коммутатор.
Если выбрать вариант восстановления без сохранения данных, то сотрутся и вирт машины. Перед такой операцией нужно скопировать данные вирт машин. Скопировать скорее всего получится нормально только VHDX файлы. То есть на новом Hyper-v создать потом машину и подключить существующие диски. Для полноценного копирования машины желательно делать экспорт с последующим импортом, но у вас ОС не загружается и это не представляется возможным.
Я бы в любом случае сделал сейчас полную копию или образ с текущим состоянием машины, чтобы не потерять данные при дрогнувшей руке.