Вобщем причина проблем потрясает воображение.
Убрал из .gitattributes# Auto detect text files and perform LF normalization
* text=auto, призванную как раз решать проблемы кросплатформенного окончания строки и git перестал считать что у меня файл изменен…
Подозреваю, что мне такой подарок приехал с одним из последних обновлений GitHub for Windows