Как вариант - в проводнике поставить сортировку по дате создания, а не по дате изменения. У Вас письма в ящике Exchange хранятся? Может быть Ваши письма лежат в .pst файле, который был откуда-то выгружен?
Это обычная проблема, когда имя домена AD совпадает с именем сайта. Самым простым выходом, как уже верно подметили, является использование www внутри компании. Либо делать policy based routing, если позволяет инфраструктура.
