Qwadrat

Это неправильное решение, лучше так не делайте. Сделайте все на AD.

Это обычная проблема, когда имя домена AD совпадает с именем сайта. Самым простым выходом, как уже верно подметили, является использование www внутри компании. Либо делать policy based routing, если позволяет инфраструктура.

В первом случае скрипты для запуска хранятся в SYSVOL и реплицируются между котроллерами, таким образом запуск скрипта гарантирован, т.к. SYSVOL доступен всем членам домена.

Во втором случае скрипт/программа запускаются с локального компьютера, а информация о запускаемых программах хранится в реестре в ветках:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\Explorer\Run
и
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
(см. support.microsoft.com/kb/314488)