1. Закомментировал в файлах nodesource.list, skype-stable.list в каталоге /etc/apt/sources.list.d/ все репозитории. 2. После этого apt update заработал успешно. 3. Установил apt-transport-https. Оказалось он все таки не был установлен. 4. Раскомментировал репозитории nodesource.list, skype-stable.list. 5. Запустил apt update чтобы обновить skype и nodejs.
