Почитайте
статейки по работе MySQL.
Если у Вас настройки сервера те которые по-умолчанию то, рекомендую их исправить на правильные — в сети
есть информация, как правильно настроить InnoBD конф-ю для максимального роста производительности сервера.
Также для MySQL нужно быстрое «железо».
Вам с первых ответов рекомендуют ставить Percona, но уверяю Вас не стоит прибегать к Percona,MySQL InnoBD уже подрос и не плох, как были предыдущие версии.
Вообщем начните с этого, а потом посмотрите логи.удачи.
