Алексей Лихачев

Хранить в репозитории, только изменяемые вами файлы, потом просто копировать новую версию CMS и смотреть изменилось ли что-то в изменяемых вами файлах.

А по-хорошему, попробовать не менять ядро CMS, а работать через встроенное API