Решено запретом флекс-контейнерам сжиматься. По какой-то причине на мобилке браузеры со рвением, достойным лучшего применения, сжимали все контейнеры, точно пытались по-максимум вместить контент во вьюпорт. В main-menu__ul и main-menu__top добавлены flex-shrink: 0;