Чрезвычайно простой инструмент
draw.io - в стиле пакета Microsoft Office.
Не панацея, но возможно в вашем случае как раз низкий порог вхождения / освоения окажется важнее "крутости" инструмента.
Еще прикольная штука
www.invisionapp.com - там можно в любую точку эскиза/схемы ткнуть и коммент прикрепить, заметку, задачку... Но это уже больше для интерфейсных дел. Хотя знаю, что многие и схемы в нем обмусоливают. Бесплатный для 1 проекта.
