В винде есть вполне конкретные инструменты для мониторинга производительности. Если стоит десятка - жмём Ctrl+Shift+Esc и переходим на вкладку "Производительность". Смотрим что перегружено в моменты возникновения "тормозов". Вангую, что будет 100% загрузка HDD (с демонстрацией "нечеловеческой" пропускной способности в районе пары МБ/сек) в результате свопа из-за недостатка оперативной памяти, дерьмового кабеля SATA или плохого состояния всех трёх опробованных дисков, которые брались из пыльного шкафа )