Лучший вариант исправить генератор карты. Плохо для поисковиков не будет, он будет индексировать страницу и игнорировать дубль в sitemap.
А для вас будет плохо тем, что зайдете в консоль, увидете загружено 1000 проиндексировано 200. Не сможете узнать какая доля идет на дубли, а какая просто не проиндексировалась по другим причинам.
