Пользуюсь Evernote-клиентом 3.1 - только такой интерфейс меня устраивает
Может заинтересует
Kustomnote - самостоятельная прога, работающая нашлёпкой на евернот-сервис
А вообще по под описание попадают записные книжки в стиле вики.
Например, Scribbleton (
scribbleton.com ) может хранить свой файл заметок в облаке, наверное так же можно и на ФТП
Ещё есть Wikipack (
wikipackit.com ) с маркдаун-редактором, хоть и онлайн, но может синхронизироваться через дропбокс