Павел

Source code можно удалить, это исходные коды, если собирать не собираетесь то можно удалять, остальное по вашему усмотрению, нужен Вам тот или иной ppa

Смотрим логи apache, nginx и прочих, /var/log/apache, /var/log/nginx
Находим где находятся файлы phpmyadmin, смотрим что там
Также можно с помощью wget или curl посмотреть что ответят

Он же пишет фатальную ошибку что не может открыть файл по пути, смотрите есть ли этот файл, права на него

А логи посмотреть?
/var/log/apache2/error.log

Включить вывод всех ошибок?

Добавьте своего юзера в группу апача, в ubuntu вроде www-data группа по умолчанию у апача, соответственно скрипты php запускаются от
sudo usermod -a -G www-data youruser

Либо запускайте команды для magento от пользователя под которым работает апач и у которого есть права на папку с magento:
sudo -u www-data php bin/magento setup:upgrade

Нажать параметры и там включить меню?

На версии выше битрикс врятле запустится, я долго пытался, удалось настроить именно только на 2.2.9, сейчас работает все нормально, но возился дня 2-3
И ещё один нюанс, битрикс выдает конфиг файл именно под 2.2.9, под 3 версию он не будет работать, скорее всего из-за этого у Вас и ошибка, что конфиг не читается из-за старых данных

https://support.amd.com/en-us/kb-articles/Pages/AM...
На офф сайте же все написано разжованно

Так выбрано же Every Day - Каждый день

https://uappexplorer.com/snaps

Надо посмотреть логи nxinx после обращения к php, и оттуда уже плясать

Как вернуть в прежную состояние?? Все файлы и папки нужно вернуть.

Читать про восстановление данных, но шансов скорее всего мало.

Вы скорее всего подтвердили что данные на флешке затрутся при копировании образа, невнимательность...

Ну по сути:
sudo apt install php7.2
Это установит:
libapache2-mod-php7.2
libargon2-0
libsodium23
libssl1.1
php7.2-cli
php7.2-common
php7.2-json
php7.2-opcache
php7.2-readline

Он же пишет в чем проблема.
Не может установить соединение с БД, Mysql запущена?

Доступ для пользователя root запрещен, скорее всего Вы установили пароль