Иван Феофанов

Решил! Итоговый код фильтра выглядит так:

angular
	.module('quApp')
	.filter('ingrListFilter', function() {
		return function (items, filter){
			return _.reject(items, function(item){
				return _.contains(filter, item.id);
			});
		};
	});

А вызов фильтра так:

<span ng-repeat="ingredient in ingredients | ingrListFilter:dishIngredientsIndexes">
    <span class="badge">{{ingredient.name}}</span>
</span>

dishIngredientIndexes - это массив, которым надо отфильтровать исходные данные.