Александр Панков

transform-box: fill-box;

codepen.io/untca/pen/ZQgwwr

Помогла опция при создании маркера overlayFactory: 'default#interactiveGraphics'
А потом по длиннющему пути я добрался по дереву DOM до маркера, и тепрь его могу анимировать с помошью css3
вот мой путь до маркера

#map > ymaps > ymaps.ymaps-2-1-17-inner-panes > ymaps.ymaps-2-1-17-places-pane > ymaps > ymaps {
	animation-name tada
	animation-iteration-count infinite
	animation-duration 2s
	animation-fill-mode both
	animation-timing-function ease-in-out	
}