Вопросы - какая версия Windows? Что за видеокарта? Всё ли обновлено? Панель задач автоматически скрывается или всегда видна? И если приложение открыто на ВЕСЬ экран, то по идее её видно быть не должно в принципе. Нет ли каких нибудь приложений которые вытаскивают панель задач из полноэкранного режима, переключая фокус на себя?