Бєкапить лучше на отдельный сервер для бэкапа ( простите за тавтологию), с аппаратным рейд контроллером и возможностью расширения дискового пространства. Из рейдов можно либо RAID 1 (высокая надежность, средняя скорость чтения и низка скорость записи) либо 10, чуть ниже надежность но выше скорость. Если для начала вы не будете брать больше 2х винтов то тут только RAID 1.
