ничего не знаю про PHP (да, да, я существую), но вашем месте я бы запустил этот процесс в screen
apt-get update
apt-get install screen
screen -R php
php -f patch/to/autoapdate_daemon.php
Потом отключиться ,, подождать, пока отвалится и посмотреть, что происходит, подключившись снова к скрину процесса: screen -r php. Навряд ли, он там молча умирает. Думаю, случается какая-то ошибка - не хватает прав куда-то, не достаточно место и т.п.