Oxoron

Тут возникает вопрос: зачем 2 сервера систем контроля версий? Путаница же будет.

Если есть желание просто перенести репу с BitBucket на TFS - создайте командный проект, Git в качестве контроля версий, в свежесозданный локальный репозиторий закиньте уже существующий проект, первый коммит закинет репу в ТФС.

Попросите у ТФС список файлов в Pending Changes, определите его длину.
Пример. Если нужно, можете код загнать в PS скрипт.

Старая статья с описанием смены тулзы.
blogs.msdn.com/b/jmanning/archive/2006/02/20/diff-...

Вкратце: легко можно настроить ТФС на использование конкретной тулзы для файлов с указанным расширением.

Здесь howto в картинках.