Otrivin

Индексируется конечная, на которую попадёт робот после всех редиректов.
Самое простое - открыть в браузере. Если ты во всех случаях будешь попадать на страницу с одним и тем же url, то все норм. Если нет - тогда да, будет считаться дублированием (например, спокойно можешь зайти на site_ru и site_ru/index.php).
Можно ещё rel=canonical добавить, главное, чтобы не получилось, что каждый из дублей о себе как о первоисточнике заявлял.
Совсем на крайняк можно отловить дубли и директить на желаемую через htaccess.

Есть мнение, запросы просто парсятся через эти ваши вордстаты и т.п. сервисы статистики ключевых слов. А затем просто генерация страничек или редиректы на страницу с подстановкой тайтлов, заголовков, пассажей в тексте...

Чуть не там копаешь. Нужно искать именно вывод ссылки (<а hrеf), и на него вешать условие проверки значения ссылки с $_SERVER["REQUEST_URI"] , например (зависит от того, абсолютные или относительные ссылки генерируются). Ищи вывод этих ссылок по каким-либо косвенным факторам (может, им класс особый где-то задаётся) поиском по файлам Notepad++'а. Потом определяй, если выводимый url НЕ совпадает с тем, по которому мы перешли на текущую страницу, то все идёт своим чередом, если совпало - выводи span вместо а hrеf.
С телефона, подробнее расписать не могу, сорян.

*********************

Надо выяснить, каким образом выводится ссылка на категорию.
Потом проверять как-то так:

$current_url = (is_ssl()?'https://':'http://').$_SERVER['HTTP_HOST'].$_SERVER['REQUEST_URI'];
$item_url = esc_attr( $item->url ); //здесь нам надо переменной $item_url передать значение из переменной, которая участвует в выводе самой ссылки в шаблон
//потом проверка
if ( $item_url != $current_url ){ //если выводимая ссылка не равна текущей странице
	оператор вывода html кода;
} else { //иначе, если совпадает
	оператор вывода кода для циклической ссылки;
}