1. В последнем примере у вас ошибка присвоения. Уберите пробел после знака =. Сейчас вы переменным base1 и base1 присваиваете пробелы.
SET /p base1 =Введите базу экспорта данных ^>
SET /p base1 =Введите таблицы через пробел или (пусто), если вся база ^>
2. Если вы используете echo для вывода содержимого переменных всегда вывод переменной обрамляйте чем-нибудь, например echo [%a%], иначе вы рискуете не увидеть что в переменной строка состоящая скажем из 10 пробелов.