Как настроить виртуальный хост в апаче особым образом?

Укажите в файле конфигурации Apache:
Alias phpmyadmin /var/www/phpmyadmin

Как настроить виртуальный хост в апаче особым образом?

Почему бы не разместить phpmyadmin в "/var/www/mainsite.ru/phpmyadmin"?

Отрицание в регулярном выражениях nginx?

set $is_not  A;
if ($request ~* (\.jpg)) {
    set $is_not B;
}
location / {
    if ($is_not = A) {
        add_header X-test 123;
    }
}