DNS всегда работает одним способом. Каждую зону (домен) обслуживают как минимум два DNS-сервера. Первичный (primary) хранит оригинал файла, описывающего зону, IP-адреса ее машин, поддомены и другую информацию. Вторичный (secondary) сервер, или серверы, хранит те же сведения, получаемые с первичного. Это страховка от его отказа. В идеале все серверы должны иметь различные сетевые подключения. Все они перечислены в файле зоны, как записи типа 'NS'.
DNS-серверы могут быть у самого владельца ресурса, их может предоставить web-хостер или регистратор, при делегировании домена. Главное, чтобы они были, не меньше двух, и с синхронными сведениями.
Редактировать файл зоны и его записи можно как непосредственно, так и через web-интерфейс. Это ничего не меняет.
Если Вы создаете web-сервер, то запись о нем должна быть в зоне его домена, т.е. в итоге должен быть установим его IP-адрес. Это запись типа 'А' или ссылка на другую запись типа 'А'.
Теперь о web-сервере. Его протокол позволяет получать сведения о доменном имени сайта, к которому осуществляется обращение.
Поэтому, нескольким разным сайтам можно выдать один и тот-же IP-адрес. Это разрешенный прием. Web-сервер все равно поймет, к какому из них осуществляется обращение.
Такая хитрость называется 'name based virtual hosting' или 'виртуальный хостинг базирующися на доменных именах'.
Для реализации этого необходимо правильно настроить Ваш web-сервер. Упомянутый Apache это прекрасно умеет делать.
Нужно изучить документацию на конкретный, обратив внимание на настройку виртуального хостинга.
