Я, возможно, буду слишком категоричен, но в вашей ситуации… никак. Код хранится незашифрованным, доступ к нему имеете не только Вы, а это значит, что стопроцентной гарантии не дадут никакие меры предосторожности.
Вообще, от коллег обычно помогает NDA, в которое у нас, например, был включен запрет на личное использование любых совместных разработок. Я не юрист, а потому не знаю, сколь серьезны могут быть (ну, хотя бы теоретически) последствия нарушения этого соглашения, но проверять почему-то не хотел никогда.