Ocelot

WGM12 равен трём.
(1 << WGM12) равно 0b00001000 (единица, сдвинутая на три бита влево)
TCCR1B |= (выражение) это побитовое или, устанавливает в единицу те биты регистра TCCR1B, которые у правого операнда равны единице, а остальные не трогает. Например:
TCCR1B = 0b10101010;
TCCR1B |= 0b00001111;
теперь TCCR1B будет равен 0b10101111;

Подтянуть RESET на плюс питания через резистор 10к

параметр -E noreset
www.nongnu.org/avrdude/user-manual/avrdude_4.html#...

Таймер имеет два регистра совпадения OCR1A и OCR1B - по одному на канал. Когда значение таймера достигает значения OCR1A - срабатывает первый канал, когда OCR1B - второй.
Каждый канал можно настроить независимо от другого на генерацию прерываний, управление выводами ШИМ и т.п.

А еще пусть вас не вводят в заблуждение имена конфигурационных регистров TCCR1A и TCCR1B (еще TCCR1C иногда бывает), они никак не связаны с каналами, это просто один большой регистр, разбитый на несколько 8-битных кусков.

ATMEGA88PA-AU 1016
AT — код производителя (Atmel)
MEGA — серия контроллеров
88 — модель. Первая восьмерка — объем флеш-памяти, есть еще 48, 168, 328
P — технология picoPower (сниженное энергопотребление)
A — расширенная периферия (по сравнению с версией без буквы A) добавлены каналы ШИМ, режимы таймеров, еще по мелочи. Mega88A обратно совместима с mega88.
A — код корпуса (TQFP)
U — выводы луженые (бывает еще MH — покрытие «никель-палладий-золото»)
QFP32 — человеческое название корпуса

Последние 4 цифры — номер партии. Теоретически, по нему можно узнать ревизию контроллера (см. секцию Errata в даташите).

ATMEGA88-20AU 0634
20 — максимальная тактовая частота. Есть еще mega88L-10 — частота ниже, но шире диапазон питающих напряжений. Для новых контроллеров (mega88A) такая маркировка не применяется, они все работают в полном диапазоне напряжений, у них нет деления на speed grades (-/L/V)