Не знаю поможет ли вам, но с LetsEncrypt, который выдается на Vesta CP бесплатно, работает следующая схема:
1) Создаёте один домен site.ru и прописываете к нему алиасы: www.site.ru, site2.site.ru, www.site2.site.ru (т.е. ваш субдомен и его www вариант — это теперь алиасы);
2) Заказываете сертификат LetsEncrypt на site.ru;
3) Profit.
