Текст, приведенный Вами, это символы кодировки Win-1251, т.е. "А"=0хС0 ... "я"=0хFF, преобразованные в UTF, не по правилам для кириллицы (чтобы получились 0х0410...0х044F), а просто как обычные расширенные ASCII (0х00С0..0х00FF). Т.е. какой-то из процессов, выполняющих кодирование из ASCII в UTF не понимает как работать с кириллицей Win-1251. Для обратного преобразования по сути Вам нужно произвести декодирование UTF->ASCII, а потом объявить получившийся блок данных Win-1251 и произвести конвертирование в прямом направлении Win-1251->UTF. Как это сделать на PHP, я не знаю, извините ...
P.S. Кстати, выложите пример Вашего файла куда-нибудь в оригинальном виде. Может быть это именно Ваш код не понимает кодировку, если по Вашим словам в веб-интерфейсе все корректно отображается.