Скорее всего база данных заббикс съела все свободное место. Предлагаю выполнить дамп базы, удалить базу данных, примонтировать еще один виртуальный диск побольше и поместить базу данных туда. А также настроить сбор данных в заббиксе, с настройками по умолчанию место быстро съедается.