Ну, это вы так широко описали проблему. Проверять можно всё. А начать можно со ржавых или окислившихся кабелей.
После этого не забудьте проверить сами диски на другой машине. Кто знает, что их контроллеры выкладывают в канал.
Ну а после этого можно проверять контроллер на материнке.
Если раньше всё работало, а сейчас не работает, то я, чуя нутром, проверял бы окислившиеся клемы, пайку итп.