Также уважу ваше желание перехода на свободную ОС.
Сам использую GNU/Linux в качестве основной (точнее, единственной) системы на протяжении нескольких лет. Рекомендую и вам переходить на новую ОС сразу и бесповоротно, не оставляя MS Woe на соседнем разделе. Если понадобятся специфические windows-программы - поставите виртуальную машину.
Главное начать пользоваться и не спрыгивать. В процессе работы у вас будут возникать вопросы (элементарые, например, как примонтировать ISO-образ, как создать разделы на флешке с разными файловыми системами, как настроить IP-адресацию, или удалённое подключение по SSH, сконфигурировать FTP-сервер и пр.).
Решая их, вы и научитесь. Научитесь, как учились пользоваться MS Woe. Было ведь время, когда вы не умели установить/удалить программу или настроить VPN? Также и здесь.
GNU/Linux имеет стройную архитектуру и пользовательское окружение UNIX. Окружение UNIX подразумевает использование командной оболочки и множества утилит командной строки. Так что обучение начинать стоит именно с основ bash (как самой популярной оболочки) и этих самых утилит.
Инструменты с графическим интерфейсом обычно не вызывают вопросов по использованию, да и разняться они от дистрибутива к дистрибутиву. Интерфейс командной строки же закреплён стандартами POSIX/SUS/LSB. Это основа, которую должен знать каждый юни/линуксоид.
В перспективе, уже мигрировав, рекомендую освоить язык Си. Этот язык появился как язык UNIX и играет ключевую роль в подобных системах сегодня.
Материалы к изучению:
Столяров А.В. Операционная среда ОС UNIX для изуча...Баурн С. Операционная система UNIX (книга слегка утратила актуальность, но не критично, рекомендую).
Также есть несколько интересных уроков на
stepic.org.
Ну и для самомотивации:
Почему UNIX?
P.S. Кстати, Столяров А.В. работает над
одной интересной книгой (обучение программированию с нуля, используя UNIX-подобную систему), любой желающий может пожертвовать на её создание.