Если у вас уже готовая база данных, так отредактируйте поля в schema.yml, потом сгенерите модели, формы и филтры (php symfony propel:build-model, -form, -filter). Напишите ALTER TABLE и отредактируйте базу данных в ручную, потому что (как минимум Propel) перезаписывает базу данных, удаляя все таблицы!!! Внимательно читайте что у вас спрашивает Symfony. В помощь вам data/sql/lib.model.data.sql, примерно в таком файле должна быть структура всей базы данных (так легче писать алтер тэйблы).