На самом деле, правильный ответ на вопрос, это указать правильный путь в doctrine.yaml
config/packages/doctrine.yaml:
mappings:
tree:
is_bundle: false
type: annotation
dir: "%kernel.project_dir%/vendor/gedmo/doctrine-extensions/src/Tree/Entity"
prefix: Gedmo\Tree\Entity
alias: Gedmo
