Я полностью поменял и дизайн и системную часть сайта,
а из-за чего тогда падает трафик?
Ссылки при этом не потеряли? Думаю причина вероятно в этом.
Но вообще по хорошему надо смотреть, что там в Яндекс.ВебМастере например, чтобы определить причину падения трафика.