1. Создай единую точку входа, и оставь ее в корне сайта, остальные файлы вынеси за пределы (Это не только сделает твое приложении более гибким, понятным, и структурированным, но и в случае отваливания веб сервера, такое когда-то у меня было, после кривого обновлении до php7, исходный код показывался браузером)
2. Не забудь про SQL иньекции. Никакой конкатенации или вставок PHP. Только плейсхолдеры и байндинг
3. Если есть возможность загружать файлы, нужно исключить возможность исполнения в этой папке.
