Мне помогла настройка по подобным статьям:
www.pentarh.com/wp/2011/03/02/mysql-innodb-highload-optimization/
www.opennet.ru/base/dev/mysql_innodb_tune.txt.html
Производительность выросла в несколько раз, до этого были жуткие тормоза на большом количестве одновременных запросов, а с таблицами в несколько сот тысяч строк вообще еле-еле ворочался. Сейчас все летает. В принципе, достаточно несколько директив в my.cnf добавить.
