Percona server — это сборка MySQL (от Петра Зайцева и ко) с включенным по умолчанию XtraDB storage engine. Отличается от MySQL+InnoDB plugin лучшей производительностью/масштабируемостью, особенно на современных многоядерных серверах. Также улучшена функциональность — больше всякой полезной для оптимизации статистики и пр. Полностью совместим с таблицами innodb, то есть можно переходить от innodb к xtradb и обратно без проблем (если не использовать некоторые специфичные для xtradb функции, типа меньшего размера страницы).
MariaDB — сборка от Монти, синхронизирована с кодовой базой MySQL и полностью с ней совместим, т.е. может выступать в качестве прозрачной замены MySQL, обладая при этом рядом расширенных функций, включая оптимизации производительности и поставляясь с набором дополнительных движков хранилищ