Выбор зависит от дизайна и требований заказчика .. Дизайнер может не заморачиватся и нарисовать всё по сетке bootstrap .. может нарисовать и с использованием его элементов .. а может сделать так что bootstrap при всём желание нельзя использовать .. И заказчик может указать что можно что нельзя использовать и что использовать обязательно..
Ну и .. а почему или или .. использование botstrap не отменяет media оно просто делает некоторые моменты легче ..
Если учить бутстрап для полного создания сайта я не против, есть много сил и желания учиться и развиваться!
а еще учить sass БЭМ js flex & grid
