Если это чистый Си и нет возможностью воспользоваться stl-ными контейнерами, то объявите вместо одномерного массива (для одной строки) двухмерный (для нескольких строк).
Затем сначала сделайте цикл чтения строк в него - без вывода
А затем следующий цикл - по количеству прочитанных строк - обработка и вывод
