У меня сделан процесс обновления поэтапный:
1. На моем сайте лежит архив с обновлением (вся папка вместе с vendor)
2. Администратор системы качает архив и загружает в систему (это можно автоматизировать)
3. Распаковывается архив и применяются миграции(в транзакции)
4. Идёт замена всех файлов проекта
В идеале сделать систему обновления не зависимой от yii2, чтобы при падении всей системы была возможность накатить обновление с фиксом