NeX

Попробуйте увеличить sort_buffer_size и покажите dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/show-profile.html для запроса

sql no cache зарещает только кэширование запросов. Для MyISAM еще, как правило, есть файловый кэш, параметр key_buffer_size. Для InnoDB — innodb_buffer_pool_size

www.administrating.ru/udalenie-povtoryayushhixsya-strok-v-tablicax-mysql/