В nginx всё тоже самое.
Создаёте файлы в /etc/nginx/sites-available/ (в зависимости от дистрибутива) по конфигу на каждый сайт, например site.ru.conf, для включения сайта, заходите в папку /etc/nginx/sites-enabled и делаете символическую ссылку
ln -s ../sites-available/site.ru.conf
Далее проверяете конфиг на ошибки
nginx -t
и после перезагружаете настройки nginx
nginx -s reload
