Евгений

ffmpeg -i file1.avi -vcodec libx264 -vpre libx264-ipod640 -b 500k -bt 500k -acodec libfaac -ab 96k -ac 2 -s 800x480 -threads 8 -g 24 -r 24 out.mp4
и мету вперед
qt-faststart out.mp4 outq.mp4
либо
mp4box -add out.mp4 outq.mp4