вариант 1:
через phpMyAdmin например, таблицы - Анализ таблицы. Получить список кривых таблиц.
сменить кодировку на UTF-8 (и заодно в CMS сделать UTF-8 по умолчанию) для конкретных таблиц.
вариант 2:
Дампер вам в помощь:
Sypex Dumper
делаем бекап с define('CHARSET', 'auto')
разворачиваем бекап с define('RESTORE_CHARSET', 'forced->utf8')
должно сработать.